Istnienie powiązań rodzinnych pomiędzy przedsiębiorcami, którzy w ramach prowadzonej przez każdego z nich działalności gospodarczej podejmują współpracę, nie wpływa w żaden sposób na ich uprawnienie do rozliczania poniesionych w tej współpracy kosztów podatkowych.
Współpraca pomiędzy podmiotami powiązanymi, w tym również rodzinnie, budzi bardzo często zainteresowanie organów podatkowych, gdyż istnienie powiązań może wpływać na warunki zawieranych przez te podmioty transakcji. Podmioty takie mogą przede wszystkim tak ukształtować warunki współpracy, że będą one wpływały na wysokość osiąganych przychodów i ponoszonych kosztów i w ten sposób pomniejszać swoje zobowiązania podatkowe.
Zawieranie transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi musi charakteryzować się stosowaniem warunków rynkowych, a więc takich, jakie ustaliłyby pomiędzy sobą podmioty niepowiązane. Jeżeli pomiędzy podmiotami powiązanymi ustalono warunki nierynkowe i chociaż jeden z nich w wyniku takiej transakcji nie wykazał dochodu lub wykazał dochód niższy, niż by to miało miejsce w przypadku warunków rynkowych (pomiędzy podmiotami niepowiązanymi), dochody tego podmiotu oraz należny podatek organ podatkowy określa w drodze oszacowania, bez uwzględnienia zastosowanych warunków nierynkowych. Oszacowania dokonuje się metodą porównywalnej ceny niekontrolowanej, ceny odprzedaży lub rozsądnej marży, a jeżeli żadna z tych metod nie jest możliwa do zastosowania również metodą zysku transakcyjnego. Uregulowania dotyczące podmiotów powiązanych i stosowanych pomiędzy nimi cen transakcyjnych wiążą się z ryzykiem doszacowania dochodu podmiotom, które stosują ceny nierynkowe.
Dodatkowy obowiązek, poza stosowaniem cen rynkowych, mają podmioty, których współpraca odbywa się na dużą skalę. Art. 25a Ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych nakłada na podmioty powiązane obowiązek sporządzania dokumentacji podatkowej zawieranych pomiędzy sobą transakcji, jeżeli łączna kwota zapłaty wynikająca z umowy lub rzeczywiście uiszczona w roku podatkowym wynosi odpowiednio:
1) 30.000 euro - w przypadku świadczenia usług, sprzedaży lub udostępnienia wartości niematerialnych i prawnych, albo
2) 50.000 euro - w pozostałych przypadkach.
Kwoty wyrażone w euro przelicza się na złote po średnim kursie ogłaszanym przez NBP, obowiązującym w ostatnim dniu roku podatkowego poprzedzającego rok podatkowy, którego dotyczą przedmiotowe transakcje.
Dokumentacja podatkowa powinna zawierać przede wszystkim: określenie funkcji stron transakcji, określenie wszystkich kosztów, jakie strony poniosą, metodę i sposób kalkulacji zysków oraz określenie ceny przedmiotu transakcji, a w przypadku świadczenia usług również określenie strategii gospodarczej oraz innych działań w jej ramach. Na żądanie organów podatkowych lub organów kontroli skarbowej, dokumentacja ta powinna być im przedłożona w terminie 7 dni, od dnia doręczenia żądania. Brak posiadania dokumentacji, jeżeli zgodnie z przepisami istniał obowiązek jej sporządzenia, wiąże się dla podatnika z ryzykiem zastosowania 50% stawki podatku dochodowego, dla części ewentualnie doszacowanego dochodu.
Aby nie ponosić ewentualnego ryzyka określenia wyższego dochodu, podmioty powiązane musza stosować ceny rynkowe. W przypadku podmiotów współpracujących na dużą skalę, konieczne jest przygotowanie dodatkowej dokumentacji, która zabezpiecza podatnika, przed zastosowaniem wysokiej 50% stawki podatku.
